Pada tahun 2004, Pemerintah Kota Malang menetapkan Peraturan Daerah Nomor 5 Tahun 2004 tentang Pembentukan, Tugas Pokok, Fungsi dan Struktur Organisasi Dinas Daerah sebagai Unsur Pelaksana Pemerintah Kota Malang. Pembentukan Perda tersebut berdasarkan ketentuan Undang-undang Nomor 22 Tahun 1999 tentang Pemerintahan Daerah, Peraturan Pemerintah Nomor 8 Tahun 2003 tentang Pedoman Organisasi Perangkat Daerah. Pemerintah Kota Malang membentuk Dinas Permukiman dan Prasarana Wilayah ( Kimpraswil ).
Pada tahun 2012, Pemerintah Kota Malang menetapkan Peraturan Daerah Nomor 6 Tahun 2012 tentang Organisasi dan tata kerja dinas daerah. Pemerintah Kota Malang membentuk Dinas Pekerjaan Umum, Perumahan dan Pengawasan Bangunan yang melaksanakan tugas pokok penyusunan dan pelaksanaan kebijakan urusan pemerintahan daerah di bidang pekerjaan umum, perumahan dan pengawasan bangunan. Dinas Pekerjaan Umum, Perumahan dan Pengawasan Bangunan mempunyai Bidang Penataan dan Pengawasan Bangunan, Bidang Bina Marga dan Sumber Daya Air, Bidang Perumahan dan Tata Ruang, Bidang Pemanfaatan Ruang.
Pada tahun 2016, Pemerintah Kota Malang menetapkan Peraturan Daerah Nomor 7 tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah. Pemerintah Kota Malang membentuk Dinas Pekerjaan Umum dan Penataan Ruang.
Pada tahun 2019, Organisasi Perangkat Daerah (0PD) Dinas Pekerjaan Umum, Penataan Ruang, Perumahan dan Kawasan Permukiman (DPUPR PERKIM) Kota Malang dibentuk dengan Peraturan Daerah Kota Malang Nomor 5 Tahun 2019 tentang Perubahan atas Peraturan Daerah Kota Malang Nomor 7 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah, struktur organisasi menjadi Dinas Pekerjaan Umum, Penataan Ruang, Perumahan dan Kawasan Permukiman (DPUPR PERKIM).
Perwal Nomor 64 Tahun 2019 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi serta Tata Kerja Dinas pekerjaan Umum, Penataan Ruang, Perumahan dan Kawasan Permukiman. Dinas Pekerjaan Umum, Penataan Ruang, Perumahan dan Kawasan Permukiman mempunyai tugas melaksanakan urusan pemerintahan di bidang Pekerjaan Umum dan Penataan Ruang, dan urusan pemerintahan di bidang Perumahan dan Kawasan Permukiman serta urusan pemerintahan di bidang Pertanahan yang menjadi kewenangan Daerah.